La advertencia aparece porque el MIME type "text/html" ya se incluye por defecto en la directiva gzip_types, sin necesidad de agregarla manualmente en el archivo de configuración.
Para solucionar el problema, sólo tienes que eliminar o comentar text/html de la directiva gzip_types. Para más información puedes consultar la documentación oficial en inglés en http://nginx.org/en/docs/http/ngx_http_gzip_module.html#gzip_types
Una vez editado el archivo de configuración, no hay que olvidarse de volver a cargar la configuración de Nginx con el comando sudo systemctl reload nginx y ya no debería aparecer el mensaje de advertencia.
Aclarar que este error no es algo grave, pero mejor ponerle solución.
