El problema que tienes me ha surgido en varias ocasiones, pero la buena noticia es que siempre he podido solucionarlo.
En primer lugar te recomiendo que actualices Certbot a su última versión. En mi caso, como uso un repositorio oficial PPA, me basta con ejecutar los comandos sudo apt-get update y sudo apt-get upgrade.
Una vez actualizado, ejecuta el comando certbot renew y reinicia tu servidor web (Apache, Nginx o el que tengas configurado). Si esto no funciona, prueba a ejecutar el comando con permisos de administrador sudo certbot renew y reinicia tu servidor (a veces también he reiniciado el sistema).
En los servidores en los que he trabajado, con los pasos anteriores siempre he solucionado el problema. Aun así, existen algunos comandos de Certbot que te pueden ayudar a diagnosticar si el problema es del certificado o no.
Puedes ejecutar el comando certbot certificates que te muestra una lista con todos los certificados de Let's Encrypt y su fecha de expiración.
Como última opción, tienes la posibilidad de usar --force-renewal, que solicita un nuevo certificado en lugar de intentar renovar el existente. Esta opción no está diseñada para ser usada de forma habitual, está reservada a situaciones excepcionales. Este comando se usa de la siguiente manera: certbot --force-renewal -d nombredominio.com
Por último, recomendarte tener a mano la web con la documentación oficial de Certbot, que siempre es de gran ayuda aunque esté en inglés.
