Para responder a tu pregunta te recomiendo que revises el tutorial que hemos publicado en el blog sobre cómo saber si SELinux está habilitado.
En ese mismo tutorial se explica de forma sencilla qué es SELinux y para qué sirve. Pero para darte una respuesta a tu pregunta, te diré que dependiendo del uso que le des a tu sistema operativo, puede ser recomendable tener SELinux habilitado o no.
Lo cierto es que SELinux no tiene mucho soporte por parte de los desarrolladores, por lo que si lo mantienes habilitado y te encuentras con un problema, tendrás que arreglártelas tú sólo para solucionarlo. Es cierto que usando SELinux tendremos una mayor seguridad, pero es difícil de gestionar y sobre todo, difícil de poner solución a los errores.
Personalmente he llegado a la conclusión de que a menos que necesites un alto nivel de seguridad por motivos excepcionales, la mejor opción es mantenerlo en modo permisivo o deshabilitado.