Vale, si te fijas tienes repositorios duplicados. Para que lo entiendas puedes comparar la primera línea y la cuarta de tu archivo sources.list. Ves que ambas contienen el componente mainpara la misma sección bionic.
Seguramente has querido activar los repositorios universe pero no lo has hecho correctamente. Simplemente tienes que editar tu archivo y eliminar las entradas duplicadas. Yo en lugar de eliminarlas, las comentaría por si algún día quieres deshabilitar el repositorio universe.
Entonces ejecutamos el comando sudo nano /etc/apt/sources.list y lo dejo así:
#deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main
#deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main
#deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates main
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main universe
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main universe
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates main universe
Ves que he comentado las tres primeras lineas añadiendo el caracter # al inicio de cada línea que quiero comentar. Ahora ya puedes actualizar los paquetes con sudo apt update que no deberías tener problemas.
