Pues el problema no es que el Tileset esté mal configurado con los pixeles, sino que Godot aplica un filtro por defecto a la imagen que importas para hacer el Tileset. Este filtro vuelve a suavizar los pixeles creando un efecto no deseado, que en tu caso muestra como una especie de cuadricula.
En tamaños pequeños puede ser imperceptible, pero si aumentamos el tamaño de la ventana se aprecian esos bordes o cuadricula que no debería de estar ahí. La solución es sencilla y consiste en desactivar ese filtro y volver a importar la imagen. Esto lo conseguimos con los siguientes pasoso:
- En el apartado de "Sistema de archivos" de Godot, seleccionamos la imagen que sirve de recurso para hacer el Tileset.
- Después hacemos click en la pestaña "Importar" que suele estar al lado de la pestaña de "Escenas". Aquí veras que está activada la opción "Filter", debes desactivarla y pulsar el botón "Reimportar"
- Problema solucionado! 👍️
Te dejo un pequeño video en el que se ve como se hace el proceso por si tienes problemas para seguir las instrucciones anteriores.
Video: https://youtu.be/EI6PMqgPowg